原料（主に牛ふん）に好気性菌を混合して堆積し、下から空気を送ることで微生物の活動が活発になり有機物を分解していきます。これを好気発酵といいます。『かんとりースーパー河北潟』ではＹＭ菌という高温発酵菌を用いることで一般的な発酵温度よりも高い温度を維持します。高温であるため原料内の雑菌や雑草の種子を死滅させ、水分を飛ばし、良質の堆肥になります。
水分はこの時の発酵熱によって低水分になっていきます。